Il 6 maggio 1527 ebbe luogo quel fatto che passerà alla storia come il "sacco di Roma", episodio da configurarsi nella guerra fra l’imperatore Carlo V e la lega di Cognac. Esso rappresentò uno degli avvenimenti più impressionanti e drammatici del XVI secolo, motivato certamente anche dall’odio religioso che vide i Lanzichenecchi scagliarsi contro San Pietro e il Vaticano, distruggendo tutto quello che non riuscirono ad asportare. Le stanze di Raffaello furono trasformate in stalle, le chiese in accampamenti e bordelli. I Lanzichenecchi abbandonarono quindi a ogni sorta di efferatezze: omicidi, torture, stupri, rapine, sequestri di persona a scopo di estorsione, saccheggi, devastazioni, incendi, accanendosi particolarmente nello sfregio di luoghi e oggetti sacri e nelle offese a quanti vestissero un abito religioso. La violenza fu tale che appena qualche giorno dopo, il 10 maggio, l’estensore di una relazione alla Repubblica veneta scriveva: «L’inferno è nulla in confronto colla vista che Roma adesso presenta».
I morti – pur nell’impossibilità di una stima attendibile – pare siano stati dodicimila nei primissimi tempi, cui vanno aggiunte le svariate centinaia, se non migliaia, di altre vittime della peste che scoppiò quasi contemporaneamente, vuoi a causa dei molti cadaveri insepolti e mangiati dai cani, vuoi per le condizioni e le abitudini promiscue della soldataglia (che ne fu a sua volta ampiamente decimata). Il valore complessivo del bottino si sarebbe poi aggirato – secondo le stime dello stesso Clemente VII – intorno alla cifra esorbitante di dieci milioni di ducati d’oro. Ma ingenti furono anche – sul piano più prettamente culturale – i danni subiti dagli archivi e dalle biblioteche (sia di privati che di istituti religiosi, come, per esempio, la ricca biblioteca del convento di Santa Sabina o la Camera Apostolica Vaticana), dai tesori delle chiese e dalle raccolte d’arte (soprattutto nel caso di manufatti arricchiti di metalli e pietre preziose). Il Sacco determinò in ogni caso la fine della splendida stagione artistica e culturale romana del primo Cinquecento (abbandonano infatti la città i pittori cosiddetti "clementini": Perin del Vaga e Polidoro da Caravaggio, già allievi di Raffaello; i protomanieristi Parmigianino e Rosso Fiorentino) ed ebbe grande impatto emotivo e vasta eco presso i contemporanei, tanto che ne rimane traccia in un’articolata pubblicistica. Le trattative per la liberazione del papa, avviate già il 7 maggio (nella speranza di un rapido soccorso delle forze della Lega di Cognac), si protrassero in una condizione di stallo fino ai primi di dicembre, quando, dietro l’impegno del pagamento di un congruo riscatto ai comandanti dell’esercito imperiale (circa 370.000 ducati-oro), il pontefice poté lasciare Roma, di notte e indossando gli abiti del suo maggiordomo, per riparare dapprima a Orvieto e quindi, dal 1 giugno 1528, nell’antica città papale di Viterbo. Nel frattempo Roma era stata nuovamente provata da altri due episodi di saccheggio, il 25 settembre 1527 e il 17 febbraio 1528, quando quel che rimaneva dell’esercito imperiale abbandonò finalmente la città lasciandosi alle spalle un ultimo strascico di distruzioni e violenze. Dopo molti rinvii, Clemente VII ritornò in Vaticano il 6 ottobre del 1528 – a quindici mesi esatti dall’inizio del Sacco -, trovandosi di fronte a una città stremata, diminuita dei 4/5 degli abitanti, spogliata di tutto e in gran parte bruciata, attanagliata infine da una terribile carestia.
Tutto questo è la tragica e finale conseguenza della disfatta delle truppe "italiane" iniziatisi nel novembre dell’anno precedente nel Mantovano dove pure morì Giovanni de’ Medici detto delle Bande Nere.